[ad_1]

برای بیش از یک دهه ، دانشمندان اپی ژنتیک از روش قدرتمندی به نام ChIP-seq برای ترسیم تغییرات در پروتئین ها و سایر عوامل تنظیم کننده حیاتی در ژنوم استفاده کرده اند. در حالی که ChIP-seq اطلاعات ارزشمندی در مورد مبانی بهداشت و بیماری ارائه می دهد ، اما با یک چالش ناامیدکننده روبرو است: نتایج آن اغلب به جای کمی ، کیفی دیده می شود ، و این تفسیر را دشوار می کند.

اما به نظر می رسد که براساس گزارشی که اخیراً به عنوان گزینه ویرایشگر انتخاب شده و در جلد مجله شیمی بیولوژیک.

دکتر برد دیکسون ، دانشمند م Instituteسسه ون آندل و یکی از نویسندگان این تحقیق ، گفت: “ChIP-seq ستون فقرات تحقیقات اپی ژنتیکی است. یافته های ما این باور را به چالش می کشد که برای تعیین مقدار آن به مراحل دیگری نیاز است.” “رویکرد جدید ما راهی برای کمی کردن نتایج ارائه می دهد ، بنابراین Chip-seq را دقیق تر می کند در حالی که پروتکل های استاندارد را دست نخورده باقی می گذارد.”

تلاش های قبلی برای تعیین کمیت نتایج ChIP-seq منجر به افزودن مراحل اضافی به پروتکل شده است ، از جمله استفاده از spike-ins ، که افزودنیهایی هستند که برای عادی سازی نتایج ChIP-seq و تشخیص تغییرات هیستون طراحی شده اند ، که در در غیر این صورت می توان آنها را پنهان کرد. این مراحل اضافی ضمن افزودن متغیرهایی که می توانند با قابلیت تکرار تداخل داشته باشند ، پیچیدگی آزمایش ها را افزایش می دهند. نکته مهم ، این مطالعه همچنین یک مشکل حساسیت در عادی شدن پرش را که قبلاً در مورد آن بحث نشده بود ، شناسایی کرد.

با استفاده از یک مدل فیزیکی قابل پیش بینی ، دیکسون و همکارانش رویکرد جدیدی به نام روش افزایش سن برای تعیین توالی کمی ChIP یا siQ-ChIP را ایجاد کردند. این به محققان اجازه می دهد تا از پروتکل استاندارد ChIP-seq پیروی کنند ، و نیازی به گنجاندن آنها نیست ، و همچنین مجموعه ای از اندازه گیری های معمول را که باید برای همه آزمایشات ChIP-seq گزارش شود ، برای اطمینان از تکرارپذیری و همچنین کمی سازی ، بیان می کند.

با استفاده از واکنش اتصال در مرحله رسوب گذاری ایمنی ، siQ-ChIP مقیاسی فیزیکی برای تعیین توالی نتایج تعیین می کند ، که امکان مقایسه بین آزمایش ها را فراهم می کند. مقیاس کمی بر اساس ایزوترم اتصال محصولات رسوب گذاری ایمنی است.

منبع تاریخچه:

مواد تهیه شده توسط موسسه تحقیقاتی وان آندل. توجه: مطالب را می توان از نظر سبک و طول ویرایش کرد.

[ad_2]

منبع: packge-news.ir

ایندکسر