[ad_1]

محققان دانشگاه هلسینکی برای شناسایی ویروس ها در نمونه های مربوط به میزبان یا محیط زیست ، خط لوله بیوانفورماتیک جدیدی به نام Lazypipe ایجاد کرده اند.

این خط لوله در همکاری نزدیک بین ویروس شناسان و بیوانفورماتیک ساخته شده است. محققان معتقدند که آنها توانسته اند بسیاری از چالش های معمول در متاژنومیک ویروسی را برآورده کنند.

پیش از این ، واحد تحقیقاتی Zoonoses ویروسی ، به رهبری پروفسور Olli Vapalachti ، دو نمونه از عوامل ویروسی جدید و بالقوه مشترک انسان و دام را منتشر کرده است که با Lazypipe از حیوانات وحشی شناسایی شده اند که می توانند به عنوان بردار عمل کنند. ویروس جدید ابولاویر از مدفوع و نمونه های اندام خفاش های Mops condylurus در کنیا و یک پاتوژن جدید منتقله از طریق کنه توسط کنه در کناره های شمال شرقی اروپا شناسایی شده است.

دکتر Teemu Smura می گوید: “این نمونه ها نشان دهنده اثربخشی تجزیه و تحلیل داده های Lazypipe برای کتابخانه های NGS با ریشه DNA / RNA بسیار متفاوت ، از بافت پستانداران گرفته تا بندپایان خرد و خرد شده است.”

Covid-19 نیاز به تشخیص سریع ویروس های جدید را تقویت می کند

ویروس کرونا ویروس فعلی نیاز به تشخیص سریع ویروس های تاکنون ناشناخته را به روشی بی طرف تقویت می کند.

دکتر راوی کانت می گوید: “کشف SARS-CoV-2 بدون ژنوم مرجع ، مفید بودن Lazypipe را برای سناریوهایی نشان می دهد که در آن عوامل ویروسی مشترک بین انسان و دام به وجود می آیند و می توان به سرعت توسط توالی NGS از نمونه های بالینی تشخیص داد.”

در اوایل آوریل ، تیم تحقیقاتی کتابخانه ها را با نمونه های مثبت SARS-CoV-2 با Lazypipe آزمایش کردند.

دکتر ایلیا پلیوسنین می گوید: “ما تأیید کردیم که خط لوله SARS-CoV-2 را در 9 کتابخانه از 10 کتابخانه با تنظیمات پیش فرض و بدون ژنوم مرجع SARS-CoV-2 پیدا کرده است.”

پروفسور Tarja Sironen می افزاید: “Lazypipe می تواند نقش مهمی در پیش بینی بیماری های عفونی در حال ظهور داشته باشد.”

منبع تاریخچه:

مواد تهیه شده توسط دانشگاه هلسینکی. توجه: مطالب را می توان از نظر سبک و طول ویرایش کرد.

[ad_2]

منبع: packge-news.ir